Betriebsprüfung: Ablauf, Rechte, Pflichten und Risiken für Unternehmen

Begleitung bei Betriebsprüfungen – rechtssichere Unterstützung während der steuerlichen Außenprüfung

Die Ankündigung einer Betriebsprüfung wirft in Unternehmen regelmäßig praktische und rechtliche Fragen auf. Welche Unterlagen müssen vorgelegt werden? Welche Mitwirkungspflichten bestehen? Welche Rechte haben Unternehmen gegenüber dem Finanzamt? Welche Fristen sind zu beachten? Und welche finanziellen und steuerlichen Risiken können sich aus der Prüfung ergeben?

Diese Fragen sind berechtigt. Betriebsprüfungen greifen tief in steuerliche Sachverhalte und Unternehmensprozesse ein. Insbesondere im Umsatzsteuerrecht führen komplexe Transaktionen, grenzüberschreitende Leistungsbeziehungen, Dokumentationsmängel oder ungeklärte Rechtsfragen häufig zu Diskussionen mit der Finanzverwaltung.

Eine frühzeitige Vorbereitung und eine strukturierte Begleitung der Betriebsprüfung helfen dabei, Risiken zu identifizieren, Anfragen des Finanzamts sachgerecht zu beantworten und steuerliche Positionen fundiert zu vertreten.

Was ist eine Betriebsprüfung?

Die Betriebsprüfung – gesetzlich als Außenprüfung bezeichnet – dient der Ermittlung der steuerlichen Verhältnisse eines Unternehmens durch das Finanzamt (§ 194 AO). Sie kann eine oder mehrere Steuerarten, einen oder mehrere Besteuerungszeiträume umfassen oder sich auf bestimmte steuerlich relevante Sachverhalte beschränken.

Die rechtlichen Grundlagen der Betriebsprüfung finden sich insbesondere in den §§ 193 ff. AO. Darin sind unter anderem die Anordnung der Betriebsprüfung, die Mitwirkungspflichten des Unternehmens sowie die Rechte und Pflichten der Beteiligten geregelt. Ergänzend enthält die bisherige Betriebsprüfungsordnung (BpO 2000) bzw. künftig die Außenprüfungsordnung (ApO n.F.) Vorgaben zur praktischen Durchführung von Außenprüfungen.

Ziel der Betriebsprüfung ist die Feststellung, ob Steuern zutreffend erklärt und festgesetzt wurden. Geprüft werden können insbesondere die Umsatzsteuer, Körperschaftsteuer, Gewerbesteuer und Lohnsteuer. Je nach Unternehmensstruktur und Geschäftstätigkeit können darüber hinaus weitere Steuerarten oder steuerlich relevante Sachverhalte Gegenstand der Prüfung sein. Hierzu zählen insbesondere zollrechtliche Fragestellungen, die Versicherungssteuer, die Energie- und Stromsteuer sowie weitere verbrauchsteuerrechtliche Themen.

Im Rahmen der Prüfung analysiert das Finanzamt unter anderem die Buchführung, steuerliche Aufzeichnungen, Verträge, Rechnungen, interne Prozesse und Verfahrensdokumentationen. Im Umsatzsteuerrecht stehen regelmäßig der Vorsteuerabzug, Steuerbefreiungen, innergemeinschaftliche Lieferungen, Reihengeschäfte und grenzüberschreitende Leistungsbeziehungen im Fokus.

Wann muss ein Unternehmen mit einer Betriebsprüfung rechnen?

Grundsätzlich können Unternehmen, Freiberufler und unter bestimmten Voraussetzungen auch andere Steuerpflichtige einer Betriebsprüfung unterzogen werden (§ 193 AO).

Große Unternehmen werden regelmäßig geprüft. Bei kleinen und mittleren Unternehmen erfolgen Betriebsprüfungen häufig in größeren zeitlichen Abständen. Darüber hinaus können bestimmte Sachverhalte, Auffälligkeiten oder steuerliche Risikobereiche Anlass für eine Prüfung sein.

Die Finanzverwaltung entscheidet nach pflichtgemäßem Ermessen, ob und wann eine Außenprüfung durchgeführt wird. Die Fallauswahl soll künftig stärker risikoorientiert erfolgen. Zugleich verfolgt die Finanzverwaltung das Ziel einer zeitnahen Betriebsprüfung. Außenprüfungen sollen deshalb möglichst zeitnah nach Ablauf der jeweiligen Besteuerungszeiträume durchgeführt und effizienter abgeschlossen werden. Dabei sind Umfang und Dauer der Prüfung auf das notwendige Maß zu beschränken und die Prüfung auf steuerlich bedeutsame Risikobereiche zu konzentrieren (§ 2 Abs. 2 bis 4 ApO n.F.).

Die Auswahlkriterien der Finanzverwaltung werden nicht vollständig offengelegt. Unternehmen sollten deshalb ihre steuerlichen Prozesse, Aufzeichnungen und Dokumentationen jederzeit prüfungsfest ausgestalten.

Wie läuft eine Betriebsprüfung ab?

Prüfungsanordnung

Die Betriebsprüfung beginnt mit einer Prüfungsanordnung des Finanzamts (§ 196 AO). Darin werden insbesondere die betroffenen Steuerarten, die Prüfungszeiträume und der Prüfungsumfang festgelegt.

Die Prüfungsanordnung soll außerdem die Rechtsgrundlagen der Außenprüfung, gegebenenfalls bestimmte Prüfungssachverhalte sowie Hinweise auf die wesentlichen Rechte und Pflichten des Unternehmens enthalten (§ 6 ApO n.F.). In der Regel soll die Prüfungsanordnung Unternehmen ausreichend Zeit zur Vorbereitung auf die Prüfung geben. Bei Großbetrieben gilt regelmäßig eine Ankündigungsfrist von vier Wochen, in anderen Fällen von zwei Wochen (§ 6 Abs. 5 ApO n.F.).

Die Prüfungsanordnung ist ein eigenständiger Verwaltungsakt. Unter den gesetzlichen Voraussetzungen können hiergegen bereits Rechtsbehelfe eingelegt werden.

Die Bekanntgabe einer Prüfungsanordnung kann zudem Auswirkungen auf die steuerliche Festsetzungsfrist haben und deren Ablauf hemmen (§ 171 Abs. 4 AO). Dadurch sind Änderungen von Steuerfestsetzungen auch noch für weiter zurückliegende Besteuerungszeiträume möglich. Für nach dem 31. Dezember 2024 bekanntgegebene Prüfungsanordnungen wurde die Ablaufhemmung grundsätzlich zeitlich begrenzt. Sie endet regelmäßig spätestens fünf Jahre nach Ende des Kalenderjahres, in dem die Prüfungsanordnung bekanntgegeben wurde. Die Neuregelung soll zu einer zeitnäheren Durchführung und einem schnelleren Abschluss von Betriebsprüfungen beitragen.

Vorbereitung der Prüfung

Nach Erhalt der Prüfungsanordnung sollten Unternehmen die betroffenen Sachverhalte analysieren, relevante Unterlagen zusammenstellen und mögliche Risikobereiche identifizieren.

Durchführung der Prüfung

Während der Prüfung wertet der Betriebsprüfer Unterlagen aus, stellt Rückfragen und fordert gegebenenfalls ergänzende Informationen oder Daten an.

Unternehmen müssen die erforderlichen Unterlagen bereitstellen, Auskünfte erteilen und den gesetzlich vorgesehenen Datenzugriff ermöglichen. Die Mitwirkungspflichten ergeben sich insbesondere aus § 200 AO.

Die Außenprüfung wird grundsätzlich in den Geschäftsräumen des Unternehmens durchgeführt. Werden der Finanzverwaltung Unterlagen digital übergeben, dürfen diese auf einem gesicherten Datenverarbeitungssystem gespeichert und verarbeitet werden (§ 7 ApO n.F.).

Schlussbesprechung

Führen die Prüfungsfeststellungen zu Änderungen der Besteuerungsgrundlagen, findet eine Schlussbesprechung statt (§ 201 AO). Dort können Unternehmen die wesentlichen Feststellungen mit dem Finanzamt erörtern und ihre tatsächlichen und rechtlichen Argumente vortragen.

Prüfungsbericht und Änderungsbescheide

Die Ergebnisse der Betriebsprüfung werden in einem Prüfungsbericht dokumentiert. Rechtsbehelfe richten sich nicht gegen den Prüfungsbericht selbst, sondern gegen die auf Grundlage der Prüfung ergehenden Steuerbescheide.

Welche Rechte haben Unternehmen bei einer Betriebsprüfung?

Unternehmen haben während einer Betriebsprüfung nicht nur Mitwirkungspflichten, sondern auch Verfahrensrechte.

Insbesondere haben Unternehmen das Recht, über Umfang und Gegenstand der Prüfung informiert zu werden, Berater einzubinden, zu Prüfungsfeststellungen Stellung zu nehmen, bei Änderungen aufgrund der Prüfungsfeststellungen eine Schlussbesprechung durchzuführen, gegen geänderte Steuerbescheide Einspruch einzulegen.

Darüber hinaus kann bei wichtigen Gründen beantragt werden, den Prüfungsbeginn zu verschieben. Ein solcher Antrag kann grundsätzlich formlos gestellt werden. Als wichtige Gründe gelten beispielsweise die Erkrankung einer für die Prüfung benötigten Person, erhebliche betriebliche Beeinträchtigungen durch Umbau oder vergleichbare außergewöhnliche Umstände (§ 6 Abs. 6 ApO n.F.). Die Finanzverwaltung kann die Verschiebung unter bestimmten Voraussetzungen von vorbereitenden Mitwirkungshandlungen abhängig machen.

Unter bestimmten Voraussetzungen können Unternehmen nach Abschluss einer Betriebsprüfung die Erteilung einer verbindlichen Zusage beantragen (§ 204 AO). Die verbindliche Zusage ist ein wichtiges Instrument, um die steuerliche Behandlung bereits geprüfter Sachverhalte auch für zukünftige Besteuerungszeiträume verbindlich abzusichern. Dies kann zusätzliche steuerliche Rechts- und Planungssicherheit schaffen und künftige Diskussionen mit der Finanzverwaltung vermeiden.

Welche Mitwirkungspflichten bestehen während einer Betriebsprüfung?

Unternehmen sind verpflichtet, die Durchführung der Betriebsprüfung zu unterstützen.

Dazu gehören insbesondere die Vorlage von Büchern, Aufzeichnungen, Verträgen, Rechnungen und sonstigen steuerlich relevanten Unterlagen. Darüber hinaus müssen angeforderte Auskünfte erteilt und steuerlich relevante Daten bereitgestellt werden.

Besondere Bedeutung haben digitale Buchführungs- und Archivierungssysteme. Unternehmen sollten sicherstellen, dass steuerlich relevante Daten vollständig, nachvollziehbar und prüfbar vorliegen.

Muss ein Unternehmen jede Frage des Betriebsprüfers beantworten?

Unternehmen müssen an der Aufklärung steuerlich relevanter Sachverhalte mitwirken (§ 200 AO). Die Mitwirkungspflicht besteht jedoch innerhalb der gesetzlichen Grenzen.

Auskunfts- und Vorlageersuchen sollten sorgfältig geprüft werden. Dies gilt insbesondere bei komplexen Rechtsfragen oder umfangreichen Datenauswertungen.

Eine abgestimmte Kommunikation hilft, Sachverhalte konsistent und rechtlich belastbar darzustellen.

Welche Änderungen gelten bei Betriebsprüfungen seit 2025?

Die Reform der Außenprüfung geht im Wesentlichen auf das Gesetz zur Umsetzung der DAC7-Richtlinie und zur Modernisierung des Steuerverfahrensrechts vom 20. Dezember 2022 (BGBl. I 2022, S. 2730) zurück (siehe zur Reform KMLZ Umsatzsteuer Newsletter 02 | 2025). Für die Neuregelungen gelten unterschiedliche Übergangsregelungen. Zahlreiche Änderungen sind insbesondere für Betriebsprüfungen mit Prüfungsanordnungen ab dem 01. Januar 2025 relevant. Einzelne Regelungen können jedoch auch für bereits zuvor angeordnete Betriebsprüfungen Bedeutung haben.

Die Reform der Außenprüfung wird zudem durch die Neufassung der bisherigen Betriebsprüfungsordnung (BpO 2000) zur Außenprüfungsordnung begleitet. Die neue Außenprüfungsordnung soll die gesetzlichen Änderungen auf Verwaltungsebene umsetzen und insbesondere eine risikoorientierte, zeitnahe und stärker strukturierte Durchführung von Außenprüfungen fördern. Der Bundesrat hat der Allgemeinen Verwaltungsvorschrift für die Außenprüfung – Außenprüfungsordnung (ApO) – am 10. Juli 2026 zugestimmt (ApO n.F.); die Veröffentlichung im Bundessteuerblatt steht derzeit noch aus.

Ziel der Reform ist eine schnellere und zeitnähere Durchführung von Betriebsprüfungen. Gleichzeitig wurden die Mitwirkungs- und Berichtigungspflichten von Unternehmen erweitert.

Qualifiziertes Mitwirkungsverlangen

Die Finanzverwaltung kann unter bestimmten Voraussetzungen ein qualifiziertes Mitwirkungsverlangen erlassen (§ 200a AO).

Unternehmen müssen die angeforderten Informationen innerhalb der gesetzlichen Fristen bereitstellen.

Mitwirkungsverzögerungsgeld

Bei verspäteter Mitwirkung kann ein Mitwirkungsverzögerungsgeld nach § 200a Abs. 2 AO festgesetzt werden.

Bei großen Unternehmen können außerdem Zuschläge anfallen. Fristenmanagement, Dokumentation und die rechtzeitige Bearbeitung von Prüfungsanfragen gewinnen dadurch erheblich an Bedeutung.

Erweiterte Berichtigungspflichten

Prüfungsfeststellungen können Auswirkungen auf weitere Steuererklärungen haben.

Unternehmen sollten deshalb prüfen, ob sich aus den Feststellungen zusätzlicher Berichtigungsbedarf ergibt.

Teilabschlussbescheid

Unter bestimmten Voraussetzungen können einzelne, abgrenzbare Besteuerungsgrundlagen bereits während der laufenden Betriebsprüfung durch einen Teilabschlussbescheid (§ 180 Abs. 1a AO) gesondert festgestellt werden.

Dadurch lassen sich streitige Fragen frühzeitig klären, ohne den Abschluss der gesamten Betriebsprüfung abwarten zu müssen.

Ergänzend eröffnet § 204 Abs. 2 AO unter bestimmten Voraussetzungen die Möglichkeit, nach Erlass eines Teilabschlussbescheids eine verbindliche Zusage für vergleichbare zukünftige Sachverhalte zu erhalten.

Rahmenvereinbarungen und strukturierter Prüfungsablauf

Finanzamt und Unternehmen können schriftliche Rahmenvereinbarungen über die Durchführung der Betriebsprüfung treffen. Darin können beispielsweise Kommunikationswege, Antwortfristen, Besprechungstermine, Prüfungsschwerpunkte oder ein Ablaufplan für die Prüfung festgelegt werden. Ziel solcher Vereinbarungen ist eine transparentere und zügigere Durchführung der Außenprüfung (§ 8 ApO n.F.).

Welche Risiken bestehen bei einer Betriebsprüfung?

Die finanziellen und rechtlichen Folgen einer Betriebsprüfung können erheblich sein.
Zu den wesentlichen Risiken gehören:

• Steuernachforderungen, insbesondere aufgrund der Versagung von Steuerbefreiungen oder des Vorsteuerabzugs, der abweichenden Beurteilung von Umsätzen als steuerbar oder steuerpflichtig sowie der Anwendung eines unzutreffenden Steuersatzes,

• Zinsen nach § 233a AO,

• Schätzungen nach § 162 AO,

• Mitwirkungsverzögerungsgelder und mögliche Zuschläge nach § 200a AO,

• steuerstrafrechtliche oder bußgeldrechtliche Folgeverfahren.

In der Praxis entstehen erhebliche Risiken häufig durch unzureichende Nachweise, fehlende Verfahrensdokumentationen oder nicht abgestimmte Auskünfte gegenüber der Finanzverwaltung.

Welche Themen prüft das Finanzamt im Umsatzsteuerrecht besonders häufig?

Im Umsatzsteuerrecht zeigen sich regelmäßig wiederkehrende Prüfungsschwerpunkte.

Hierzu zählen insbesondere der Vorsteuerabzug, Steuerbefreiungen, die zutreffende Bestimmung des Steuersatzes, innergemeinschaftliche Lieferungen, Reihengeschäfte, grenzüberschreitende Dienstleistungen, die Bestimmung des Leistungsorts sowie umsatzsteuerrechtliche Organschaften. Daneben stehen häufig auch komplexe konzerninterne Leistungsbeziehungen, Verrechnungsvorgänge innerhalb von Unternehmensgruppen und die steuerliche Behandlung internationaler Geschäftsvorfälle im Fokus. Auch Verfahrensdokumentationen und digitale Buchführungs- und Archivierungssysteme spielen in der Prüfungspraxis eine wichtige Rolle.

Wie können Unternehmen sich optimal auf eine Betriebsprüfung vorbereiten?

Die Vorbereitung einer Betriebsprüfung beginnt nicht erst mit der Prüfungsanordnung.

Unternehmen sollten ihre steuerlichen Prozesse laufend dokumentieren und sicherstellen, dass Geschäftsvorfälle nachvollziehbar abgebildet werden. Eine belastbare Verfahrensdokumentation, vollständige Nachweise und funktionierende steuerliche Kontrollprozesse schaffen die Grundlage für eine strukturierte Prüfung. Ein Tax Compliance Management System (TCMS) kann darüber hinaus dazu beitragen, steuerliche Risiken frühzeitig zu erkennen und die Einhaltung steuerlicher Pflichten systematisch zu überwachen (mehr zu Verfahrensdokumentationen, den GoBD 2024 und TCMS finden Sie hier: Verfahrensdokumentation; KMLZ Umsatzsteuer Newsletter 19 | 2024).

Nach Erhalt einer Prüfungsanordnung empfiehlt sich eine gezielte Analyse der betroffenen Steuerarten, Zeiträume und Risikobereiche.

Warum ist eine professionelle Begleitung der Betriebsprüfung sinnvoll?

Betriebsprüfungen betreffen häufig komplexe steuerliche Fragestellungen und erhebliche wirtschaftliche Risiken.

Eine professionelle Begleitung unterstützt bei der Vorbereitung der Unterlagen, der Koordination der Kommunikation mit dem Finanzamt sowie bei der rechtlichen Würdigung streitiger Sachverhalte.

Dadurch können steuerliche Risiken frühzeitig erkannt, Betriebsprüfungsfeststellungen aktiv begleitet und die Interessen des Unternehmens bereits während der laufenden Betriebsprüfung effektiv vertreten werden. Ziel ist es, auf ein sachgerechtes und vorteilhaftes Prüfungsergebnis hinzuwirken.